全书6卷，按病症分为72门。
卷一为：中风、伤寒、感冒、暑、湿、瘟疫、大头瘟等七门。
卷二为：火、斑疹、疟、痢、泄泻、秘结、霍乱、痰、哮喘、咳嗽等十门。
卷三为：虚损劳瘵、气、血证、脱肛、呕吐、呃逆、翻胃、噎膈、情志等十门。
卷四为：脾胃、伤食、吞酸、痞、嘈杂、郁、五疸、消渴、水肿、鼓胀、小便不通、大便不禁、淋涩、精浊、自汗、盗汗等十七门。
卷五为：痿痹、厥、痉、痈、癫狂、惊悸怔忡、健忘、痛风、疬风、喉闭、头疾、腹痛、胁痛、腰痛、七疝、脚气、眼疾、耳疾、鼻疾、口齿舌疾等二十门。
卷六：为虫、痔漏、疥疮、暴死、痘、妇人、广嗣、延年等八门。
附　脉语
方剂索引

吴昆，字山甫，号鹤皋，又号鹤皋山人、参黄子、参黄生，徽州府歙县澄塘村人，明代医家，新安医学名家之一，生于1552年，卒年不详。吴昆师从余午亭，以医为业，从三吴出发，遍历江浙、荆襄、燕赵等地，“师医道贤于己者”，自此之后医学大进。共撰述医书6种，其中《医方考》6卷、《脉语》2卷、《素问吴注》24卷、《针方六集》6卷4种现存于世，《十三科证治》、《药纂》2种成书年代不详，已经亡佚。

医方考 六卷 (明)吴崑撰 明万历13年